故事发生在一个宁静的海边小镇，波妞偶然间遇到了被困在玻璃瓶中的小金鱼，这只小金鱼其实是海神的女儿，因为对人类世界的好奇而化身为小女孩的模样。两人很快成为了好朋友，并在相处中建立了深厚的友谊。然而，当波妞的父亲宗介得知这一情况后，为了保护女儿的安全，决定将小金鱼送回大海。
得知自己即将离开，波妞感到非常不舍，于是她决定用自己的方式来帮助小金鱼实现愿望——回到海洋。在这个过程中，波妞展现出了非凡的勇气和智慧，不仅成功地帮助小金鱼回到了大海，还让整个小镇的人们意识到了环境保护的重要性。
影片最后，波妞和小金鱼虽然暂时分离，但她们之间的友情却永远留在了彼此的心中。这部电影不仅仅讲述了一个关于友情的故事，更传递出了一种积极向上的生活态度，鼓励人们勇敢面对生活中的困难，珍惜身边每一个美好的瞬间。
